| Alliku kristlik kogudus "Ühendus Kristuses" | Harju maakond | 02.07.2018 |
| Dhammavinaya Instituut | Harju maakond | 14.04.2023 |
| Dzogtšeni Buddha Tee Eesti Ühing | Harju maakond | 22.05.2020 |
| EELK Kuressaare Laurentiuse Kiriku Oreli Taastamise Sihtasutus Sauer | Saare maakond | 28.02.1997 |
| Eesti Akadeemiline Teoloogia Selts | Tartu maakond | 18.05.1999 |
| Eesti Budistlik Kogudus Drikung Kagyu Ratna Shri Keskus | Harju maakond | 15.07.2004 |
| Eesti Evangeeliumi Kristlaste ja Baptistide Koguduste Liidu Koeru Vabakogudus | Järva maakond | 31.05.2004 |
| Eesti Evangeeliumi Kristlaste ja Baptistide Koguduste Liidu Narva-Jõesuu Evangeeliumi Kristlaste ja Baptistide Kogudus "Taassünd" | Ida-Viru maakond | 26.10.2004 |
| EESTI EVANGEELNE ALLIANSS | Harju maakond | 01.03.2000 |
| Eesti Evangeelne Halastuse Misjon | Harju maakond | 13.01.1999 |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Karja Katariina Kogudus | Saare maakond | 12.08.2004 |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Orissaare Kogudus | Saare maakond | 29.07.2004 |
| Eesti Kristlik Raudteelaste Ühing | Harju maakond | 27.01.2005 |
| Eesti Kristlik Ühing Messias | Harju maakond | 18.03.2005 |
| Eesti Kristliku Konfessioonidevaheline Misjon Agape | Harju maakond | 29.12.1998 |
| Eesti Kristliku Nelipühi Kiriku Kose Kogudus | Harju maakond | 18.01.2005 |
| EESTI LASTEMISJON | Harju maakond | 15.09.1998 |
| Eesti Luterlik Rahuühendus | Tartu maakond | 16.05.1997 |
| EEVL Tallinna Evangeelne Uue Elu Kogudus | Harju maakond | 18.02.2004 |
| Emujärve Taarausuliste ja Maausuliste Koda | Põlva maakond | 07.01.2005 |
| God’s Squad Christian Motorcycle Club Estonia MTÜ | Harju maakond | 03.05.2021 |
| Halastuse Misjonäride Ordu Klooster Tallinnas | Harju maakond | 18.01.2005 |
| Jeesuse Kristuse Misjon Kõigile Rahvastele MTÜ | Harju maakond | 15.06.2026 |
| Karitsa Evangeelne Uue Elu Kogudus | Lääne-Viru maakond | 26.10.2004 |
| Kiviõli kristlik kogudus "Ühendus Kristuses" | Ida-Viru maakond | 20.07.2018 |
| Kristlik Ühendus Immaanuel | Harju maakond | 11.12.1998 |
| Kristuse Kuningriigi Epitsentri Mittetulundusühing | Tartu maakond | 25.02.2011 |
| KULTUURI JA HEATEGEVUS KESKUS "TFL" | Harju maakond | 20.12.2002 |
| Kuressaare Kristlik Diakooniapunkt | Saare maakond | 17.12.1997 |
| Lasnamäe Jumalaema Kiriku Sihtasutus | Harju maakond | 03.02.2003 |
| Mittetulundusühing Ahmadiyya Muslim Jamaat in Estonia | Harju maakond | 18.03.2009 |
| Mittetulundusühing Antikmisio | Viljandi maakond | 27.03.2009 |
| mittetulundusühing Augsburgi Usutunnistuse Selts | Pärnu maakond | 06.06.2007 |
| Mittetulundusühing Cross Development Estonia | Harju maakond | 09.10.2012 |
| mittetulundusühing Eesti Koguduste Partnerid | Harju maakond | 21.05.2007 |
| mittetulundusühing Eesti Kristlike Meeste Teenistus | Pärnu maakond | 12.01.1998 |
| Mittetulundusühing Elisha Treeningkeskus | Harju maakond | 27.08.2008 |
| Mittetulundusühing Halastusmaja | Lääne-Viru maakond | 06.11.2013 |
| Mittetulundusühing Hea Sõnum | Harju maakond | 07.03.2012 |
| Mittetulundusühing Hingepiibel | Harju maakond | 25.07.2011 |
| Mittetulundusühing House of Light | Jõgeva maakond | 02.02.2022 |
| Mittetulundusühing IAM Centre | Harju maakond | 05.02.2020 |
| Mittetulundusühing Invaliidide Assotsiatsioon NIKA | Harju maakond | 15.04.2010 |
| Mittetulundusühing Isiksuse Taastumise Keskus | Ida-Viru maakond | 07.02.2018 |
| Mittetulundusühing Kristlik Keskus Siimeon | Harju maakond | 08.12.2003 |
| Mittetulundusühing Kristlik Misjon Harvest 21 | Lääne-Viru maakond | 19.11.2002 |
| Mittetulundusühing Kristlik Misjon Jumala Otsijate Liikumine | Lääne-Viru maakond | 08.02.2016 |
| Mittetulundusühing Kristlik Misjon Source of Life | Ida-Viru maakond | 05.07.2011 |
| Mittetulundusühing KUTSE ELLU IVI | Ida-Viru maakond | 22.08.2005 |
| Mittetulundusühing LIFE TV | Harju maakond | 09.02.1998 |
| Mittetulundusühing M4Europe | Tartu maakond | 18.02.2019 |
| Mittetulundusühing Maarja Gild | Harju maakond | 06.09.2012 |
| Mittetulundusühing Põlev Põõsas | Harju maakond | 03.02.2011 |
| mittetulundusühing Reaalsuse Misjon Eestis | Järva maakond | 20.06.2002 |
| Mittetulundusühing TABIITA MISJON | Lääne maakond | 04.03.2002 |
| Mittetulundusühing Taevas TV7 Kristlik Ühing | Harju maakond | 08.12.2009 |
| Mittetulundusühing Tõeline Kristlik Piibliteenistus | Harju maakond | 25.08.2011 |
| Mittetulundusühing ÜTM | Harju maakond | 26.06.2009 |
| Mittetulundusühing Valguse Sõnum | Lääne-Viru maakond | 22.03.2006 |
| mittetulundusühing Via Terra Mariana | Pärnu maakond | 20.03.2009 |
| MTÜ Antsla Palvekoda | Võru maakond | 05.02.2024 |
| MTÜ Buddhalaste Sangha | Harju maakond | 16.06.2016 |
| MTÜ Campus Mission International EUROPE | Harju maakond | 15.06.2022 |
| MTÜ Gospel Europe | Ida-Viru maakond | 18.07.2024 |
| MTÜ KM JCC | Ida-Viru maakond | 07.12.2004 |
| MTÜ Märtrite Hääl | Harju maakond | 27.04.2023 |
| MTÜ Mission Europe Estonia | Harju maakond | 16.04.2024 |
| MTÜ Püha Etheldreda Osaduskond | Harju maakond | 30.06.2026 |
| MTÜ QURAN RESEARCH CENTER | Harju maakond | 16.03.2023 |
| MTÜ Theological Center | Ida-Viru maakond | 03.11.2020 |
| MTÜ Ülistus | Lääne-Viru maakond | 06.08.2014 |
| MTÜ Vabadus Kristuses Teenistus | Pärnu maakond | 05.05.2022 |
| MTÜ Yeshe Khorlo Eesti | Jõgeva maakond | 14.12.2016 |
| Muslim Association of Estonia MTÜ | Võru maakond | 19.01.2023 |
| Müüriladujate Ühendus | Harju maakond | 18.10.2024 |
| Noorteühendus KOMA | Harju maakond | 08.10.2003 |
| Päästearmee Eestis | Harju maakond | 23.11.1998 |
| Paldiski Evangeelne Meremisjon | Harju maakond | 14.11.2000 |
| Pärnu Linna Raekogudus | Pärnu maakond | 28.09.2004 |
| Peraküla Palvela MTÜ | Lääne maakond | 09.04.2026 |
| Piiskopkondlik Misjoniseminar "Redemptoris Mater" | Harju maakond | 08.09.2016 |
| Püha Georgi Sihtasutus | Harju maakond | 11.05.2006 |
| Püha Platoni ja Püha Issidori Õigeusu Vennaskond | Tartu maakond | 06.06.2001 |
| Püha Risti ja Opus Dei prelatuur Eestis | Harju maakond | 20.11.2012 |
| SAHAJA YOGA ÜHING | Ida-Viru maakond | 16.06.1998 |
| Sihtasutus Aleksandri Õigeusu Vennaskond | Harju maakond | 18.07.2024 |
| Sihtasutus EELK Misjonikeskus | Harju maakond | 26.03.2004 |
| sihtasutus Eesti Õigeusu Toetuskapital „Usaldus“ | Harju maakond | 07.07.2014 |
| Sihtasutus EMK Kristlik Laager Gideon | Ida-Viru maakond | 21.12.2000 |
| Sihtasutus Europe Region of the United Pentecostal Church International | Harju maakond | 22.08.2025 |
| Sihtasutus Fidelitas | Harju maakond | 20.10.1999 |
| Sihtasutus Piibel Kõigile | Lääne-Viru maakond | 08.08.2019 |
| Tallinna Kristlik Kiituse Kabeli Kogudus | Harju maakond | 02.02.2012 |
| The Bridge MTÜ | Ida-Viru maakond | 30.03.2026 |
| Tiibeti Budismi Nyingma Eesti Kogudus | Harju maakond | 15.07.2004 |
| ÜHENDUS 3AM | Järva maakond | 05.07.2002 |
| ÜHING MEEDIA MISJON | Hiiu maakond | 20.02.2004 |
| Valga Elu Sõna Kogudus | Valga maakond | 03.11.2004 |
| Valga Kristlik Misjoniselts Lootus | Valga maakond | 25.03.1999 |
| Vene Rahvausu Kogudus Eestis | Tartu maakond | 20.07.2010 |
