| Avatud Piibli Ühing | Harju maakond | 13.01.1999 |
| EELK Laste- ja Noorsootöö Ühendus | Harju maakond | 09.01.2004 |
| Eesti Apostlik- Õigeusu Kiriku Muhu-Hellamaa Peetruse ja Pauluse Kogudus | Saare maakond | 26.07.2004 |
| Eesti Apostlik- Õigeusu Kiriku Tornimäe Neitsi Maria Kogudus | Saare maakond | 27.09.2004 |
| Eesti Apostlik-Õigeusu Kiriku Häädemeeste Issandamuutmise Kogudus | Pärnu maakond | 31.08.2004 |
| Eesti Apostlik-Õigeusu Kiriku Pärnu Issandamuutmise Kogudus | Pärnu maakond | 31.08.2004 |
| Eesti Apostlik-Õigeusu Kiriku Sindi Jumalailmumise Kogudus | Pärnu maakond | 09.08.2004 |
| Eesti Apostlik-Õigeusu Kiriku Tahkuranna Jumalasünnitaja Uinumise Kogudus | Pärnu maakond | 23.08.2004 |
| Eesti Apostlik-Õigeusu Kiriku Treimani Apostlite Peetruse-Pauluse Kogudus | Pärnu maakond | 27.08.2004 |
| Eesti Evangeeliumi Kristlaste ja Baptistide Koguduste Liidu Evangeeliumi Kristlaste Suigu Kogudus | Pärnu maakond | 28.05.2004 |
| Eesti Evangeeliumi Kristlaste ja Baptistide Koguduste Liidu Jausa Kogudus | Hiiu maakond | 22.10.2004 |
| Eesti Evangeeliumi Kristlaste ja Baptistide Koguduste Liidu Laitse Kogudus | Harju maakond | 19.07.2004 |
| Eesti Evangeeliumi Kristlaste ja Baptistide Koguduste Liidu Lihula Baptistikogudus | Pärnu maakond | 04.11.2004 |
| Eesti Evangeeliumi Kristlaste ja Baptistide Koguduste Liidu Palivere Evangeeliumi Kristlaste Vabakogudus | Lääne maakond | 11.11.2004 |
| Eesti Evangeelne Vennastekogudus | Harju maakond | 09.06.2004 |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Avinurme Kogudus | Jõgeva maakond | 31.08.2004 |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Koeru Maarja-Magdaleena Kogudus | Järva maakond | 25.08.2004 |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Kunda Kolmekuninga Kogudus | Lääne-Viru maakond | 11.08.2004 |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Kuressaare Laurentiuse Kogudus | Saare maakond | 31.08.2004 |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Lüganuse Ristija Johannese Kogudus | Ida-Viru maakond | 27.08.2004 |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Märjamaa Maarja Kogudus | Rapla maakond | 29.07.2004 |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Muhu Katariina Kogudus | Saare maakond | 30.08.2004 |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Mustamäe Maarja Magdaleena Kogudus | Harju maakond | 29.12.2010 |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Noarootsi Püha Katariina Kogudus | Lääne maakond | 31.08.2004 |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Pärnu-Jakobi Kogudus | Pärnu maakond | 11.08.2004 |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Pöide Maarja Kogudus | Saare maakond | 31.08.2004 |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Püha Jakobi Kogudus | Saare maakond | 30.08.2004 |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Roosa Jakobi Kogudus | Võru maakond | 31.08.2004 |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Rõuge Maarja Kogudus | Võru maakond | 01.09.2004 |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Saaremaa Jaani Kogudus | Saare maakond | 11.08.2004 |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Soome Püha Peetruse Kogudus | Harju maakond | 18.11.2004 |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Tallinna Rootsi-Mihkli Kogudus | Harju maakond | 25.08.2004 |
| Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku Vigala Maarja Kogudus | Rapla maakond | 07.10.2004 |
| Eesti Kirikute Nõukogu | Harju maakond | 01.09.1998 |
| Eesti Kristliku Nelipühi Kiriku Fookus Kogudus | Harju maakond | 27.11.2014 |
| Eesti Kristliku Nelipühi Kiriku Pärnu Kogudus | Pärnu maakond | 23.12.2004 |
| Eesti Metodisti Kiriku Pärnu Agape Kogudus | Pärnu maakond | 16.07.2004 |
| Eesti Metodisti Kiriku Rakvere Kogudus | Lääne-Viru maakond | 29.06.2004 |
| Eesti Metodisti Kiriku Tallinna Kogudus | Harju maakond | 06.07.2004 |
| Eesti Metodisti Kiriku Tartu Püha Luuka Kogudus | Tartu maakond | 09.07.2004 |
| EESTI ÕIGEUSU NOORTE LIIT | Harju maakond | 05.10.1999 |
| Eesti Pema Lingpa Kogudus | Jõgeva maakond | 07.01.2019 |
| EKÕK Lohusuu Jumalailmumise Kogudus | Jõgeva maakond | 07.05.2004 |
| Härjapea Taarausuliste ja Maausuliste Koda | Harju maakond | 07.01.2005 |
| Järvakandi Kristlik Nelipühi Kogudus "Immanuel" | Rapla maakond | 27.12.2004 |
| Järvamaa Kristliku Keskuse Kogudus | Järva maakond | 08.04.2004 |
| Jõgeva Elu Sõna Kogudus | Jõgeva maakond | 17.08.2004 |
| Kärdla Baptistikogudus | Hiiu maakond | 09.06.2004 |
| Kikita Vanausuliste Kogudus | Jõgeva maakond | 26.11.2004 |
| Kiviõli Evangeeliumi Kristlaste Vabakogudus | Ida-Viru maakond | 02.07.2004 |
| KrossRoad Mittetulundusühing | Ida-Viru maakond | 29.06.1999 |
| Maausuliste Saarepealse Koda | Saare maakond | 11.03.2005 |
| Maausuliste Viru Koda | Lääne-Viru maakond | 22.12.2010 |
| Mittetulundusühing Aabrahami põlvkond | Võru maakond | 17.12.2020 |
| Mittetulundusühing Buddhaloka | Harju maakond | 30.11.2007 |
| Mittetulundusühing EESTI KRISTLIKUD ETTEVÕTJAD | Harju maakond | 21.12.1999 |
| Mittetulundusühing FIDES Foundation | Saare maakond | 05.08.2022 |
| Mittetulundusühing Helena | Harju maakond | 09.04.2008 |
| mittetulundusühing KUULUTAJA ÜHING | Valga maakond | 02.09.2003 |
| Mittetulundusühing Noorte Missioon | Harju maakond | 01.07.1999 |
| Mittetulundusühing VALGUS ESTONIA | Ida-Viru maakond | 27.03.2003 |
| MITTETULUNDUSÜHING VRINDAVAN | Ida-Viru maakond | 14.12.2004 |
| Mittetulundusühing Youth With A Mission Estonia | Harju maakond | 17.03.2026 |
| MTÜ Armu Misjon | Harju maakond | 25.01.2016 |
| Open Bible Mittetulundusühing | Harju maakond | 26.02.2016 |
| Rakke Kogudus | Lääne-Viru maakond | 26.10.2004 |
| Rakvere Nelipüha Kogudus | Lääne-Viru maakond | 29.04.2004 |
| Seitsmenda Päeva Adventistide Jõhvi Kogudus | Ida-Viru maakond | 26.01.2005 |
| Seitsmenda Päeva Adventistide Narva Kogudus | Ida-Viru maakond | 08.12.2004 |
| Seitsmenda Päeva Adventistide Pärnu Kogudus | Pärnu maakond | 09.12.2004 |
| Seitsmenda Päeva Adventistide Põltsamaa Kogudus | Jõgeva maakond | 09.12.2004 |
| Seitsmenda Päeva Adventistide Türi Kogudus | Järva maakond | 08.12.2004 |
| Sihtasutus Johanniitide Abi Eestis | Harju maakond | 23.03.2005 |
| Tallinna Kristlik ja Protestantlik Kogudus Uuestisünd | Harju maakond | 10.02.2015 |
| Tapa Elava Usu Kogudus | Lääne-Viru maakond | 29.05.2004 |